当前使用的系统版本为 Fedora41 Sway，Fcitx5 的版本为 5.1.12，Obsidian 版本为 1.8.9
解决办法，在启动命令中添加--enable-wayland-ime --wayland-text-input-version=3
可以运行以下命令进行测试：flatpak run md.obsidian.Obsidian --enable-wayland-ime --wayland-text-input-version=3
如果可以正常切换出并能输入中文，则可以编写.desktop文件进行持久设置：
[Desktop Entry]
Name=Obsidian
Exec=/usr/bin/flatpak run --branch=stable --arch=x86_64 --command=obsidian.sh --file-forwarding md.obsidian.Obsidian @@u %U @@ --enable-wayland-ime --wayland-text-input-version=3
Terminal=false
Type=Application
Icon=md.obsidian.Obsidian
StartupWMClass=obsidian
Comment=Obsidian
MimeType=x-scheme-handler/obsidian;
Categories=Office;
X-Flatpak-Tags=proprietary;
X-Flatpak=md.obsidian.Obsidian